Сюжет игры начинается спустя три года после событий игры и повествует о том, как Ryza воссоединяется со своими друзьями, которым предстоят новые испытания и лишения на пути к воистину бесценному сокровищу.

Три года минуло с тех пор, как Ryza тайком отправилась в великое путешествие по Kurken Island. Она единственная из всей группы осталась на острове и получила от друга письмо. В нем сообщалось о неких руинах, которые могли быть связаны с деятельностью алхимиков. Кроме того, Ryza по непонятной причине просили отыскать мерцающий камень. Это вынудило ее покинуть остров и вернуться в royal capital Ashra-am Baird. Ryza еще не подозревала, что это станет началом невероятного приключения, во время которого ей придется разгадать тайны развалин, окружающих столицу, а также повстречать удивительное создание, которое изменит всю ее жизнь.

Ryza многому научилась и теперь умеет плавать под водой, взбираться на стены по плющу, протискиваться через узкие проходы и использовать волшебные веревки, чтобы перемещаться между разделенными местами. Благодаря этим и другим навыкам, Ryza сможет куда более тщательно и активно исследовать разнообразные места и руины.